Ορισμένες προκλήσεις απορρέουν από τον τρόπο με τον οποίο η διαγενεακή μάθηση ενσωματώνεται στο σύγχρονο εκπαιδευτικό σύστημα και στις πολίτικές μας (EPALE, 2020).
Οι περιορισμοί της κοινωνικής πολιτικής, οι εξωτερικοί έλεγχοι της ατομικής ελευθερίας που διατηρεί η κοινωνία.
Άκαμπτες θεσμικές δομές και συμβάσεις, όπως τα εκπαιδευτικά κτήρια – και σε σχέση με τη φυσική προσβασιμότητα.
Έλλειψη γνώσεων στον τομέα της διαγενεακής μάθησης και οργανωτικών ικανοτήτων, όπως η διοίκηση και η στρατηγική.
Απροθυμία του προσωπικού και έλλειψη κατάρτισης.
Έλλειψη ενός προγράμματος σπουδών διαγενεακής μάθησης.